हलाल सर्टिफिकेशन पर उठे विवाद के बीच सरकार की नियत और सच्चाई पर सवलत रहे हैं। हलाल सर्टिफिकेशन को लेकर सरकार ने कई तरह के दावे किये थे कि बोर्ड पैसे लेकर सरिया और सीमेंट बनाने वाली कंपनी तक को हलाल सर्टिफिकेट जारी कर रही है, लेकिन जमीयत ने सुप्रीम कोर्ट में जवाबी हलफनामा दाखिल कर सरकार के इन सारे आरोपों को खारिज करते हुए इस बेबुनियाद करार दिया है।
उत्तर प्रदेश सरकार ने पिछले साल हलाल सर्टिफिकेशन करने की ऑर्गनॉइड प्रक्रिया को एक स्कैम बताते हए रोक लगा दी थी. सरकार का दावा था कि हलाल सर्टिफिकेशन के नाम पर कंपनियो से पैसा ऐंठा जा रहा था।
